1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。 1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

韦峻轩（罗仲谦 饰）间接害死了自己爱人胡家琳（朱锐 饰）的父亲胡冠佑（刘松仁 饰），既悔恨又不甘，但他又被韩朗（罗嘉良 饰）威胁，不得不与之合作。峻轩本想联合卧底子弹（王阳 饰）推翻韩朗，却不料韩朗私下爆出子弹好友伍永哲（梁汉文 饰）乃峻轩所杀，挑动子弹对抗峻轩。子弹冲动之下向警方爆料了峻轩的黑警身份，峻轩被羁押，因证据被韩朗销毁而未被起诉，但他已永远失去了警察的身份。胡冠佑一死，胜联群龙无首，众人为权明争暗斗。家琳继承了胡冠佑的一切遗产，因担心异母弟弟洛威（朱鉴然 饰），家琳自己也参与到胜联老大的竞争中。峻轩抓住了胜联内斗的机会加入胜联，其实这是缉毒科总督察张铤（吴廷烨 饰）的计策，原来张铤重新和峻轩取得联络，让峻轩混入胜联再做卧底，与同事苏晴（梁靖琪 饰）联络配合获取情报，戴罪立功。峻轩在胜联内遭受排挤，尤其旧情人家琳已经得知峻轩有份参与杀害她爸爸，和峻轩反目为仇。峻轩饱受打击，但在胜联顽强求存，屡立功劳，而且竭力向家琳解释，两人关系缓和不少。